Descoperirea manuscriselor de la Marea Moarta a dus la publicarea unui numar imens de articole, de comunicari si de carti. Cu toate acestea, legat de manuscrisele de mai sus exista un mare numar de enigme, de probleme destul de obscure care nu au putut fi dezlegate pana acum. In manuscrisele de la Marea Moarta apare foarte des expresia de secret, mister, mentionandu-se secretele divine cunoscute de divinitate, de ingeri si de puterile ceresti, precum si secretele minunate pe care esenienii sau unii dintre ei sustin ca ajung sa le cunoasca prin revelatie. Aceste secrete minunate par a fi experiente extatice...Josephus Flavius scrie ca esenienii pastrau cu cea mai mare grija secretele gruparii lor politico-religioase si invataturile ei nu le impartaseau nimanui, chiar daca ar fi trebuit sa moara in cele mai mari chinuri din cauza aceasta (Bellum judaicum, lib. II, cap. VIII).De aceea esenienii, intrand in aceasta grupare, faceau juramantul (poate singurul pe care aveau voie sa-l faca) de a nu dezvalui altora nimic din secretele miscarii lor, de a nu face cunoscute altora cartile lor si de a nu spune altora numele ingerilor.